Jiří je od roku 2025 ředitelem Národního ústavu duševního zdraví. Je přednostou Kliniky psychiatrie a lékařské psychologie 3. lékařské fakulty UK a vedoucím Centra pokročilých studií mozku a vědomí Národního ústavu duševního zdraví (NUDZ). Působí jako výzkumník, psychiatr a psychoterapeut. Jeho výzkumné aktivity zahrnují teorii vědomí, studium psychedelik, zobrazování mozku a možnosti léčby u deprese, u existenciální tísně onkologicky nemocných a v paliativní léčbě.
Je editorem několika knih a autorem více než 200 vědeckých článků. V roce 2022 působil jako koordinátor pro oblast duševního zdraví během předsednictví ČR v Radě Evropské unie (CZ PRES). Profesor Jiří Horáček se podílí na zavádění psychedeliky asistované terapie v ČR i EU.